Инд. авторы:	Акбердин И.Р., Киселев И.Н., Пинтус С.С., Вертышев А.Ю., Махновский П.А., Попов Д.В., Колпаков Ф.А.
Заглавие:	Интегрированная модульная математическая модель метаболизма, внутриклеточной сигнализации и процессов генетической регуляции в скелетной мышце человека
Библ. ссылка:	Акбердин И.Р., Киселев И.Н., Пинтус С.С., Вертышев А.Ю., Махновский П.А., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Интегрированная модульная математическая модель метаболизма, внутриклеточной сигнализации и процессов генетической регуляции в скелетной мышце человека // Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Цифровые двойники и большие данные (DICR-2019): Труды XVII Международной конференции (Новосибирск, 03.12-06.12.2019) / Под ред. О.Л. Жижимова, А.В. Юрченко. - 2019. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.22-27. - ISBN: 978-5-905569-14-2. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/4694/8/DICR-2019-V3_p22-27.pdf
Внешние системы:	DOI: 10.25743/ICT.2019.61.15.003; РИНЦ: 41607506;
Реферат:	rus: В докладе представлены результаты последовательного развития модульного представления и анализа математической модели метаболизма клеток скелетных мышц (Kiselev et al., 2019) с учетом сигнальных путей и процессов регуляции транскрипции генов, активируемых в ответ на физическую нагрузку, в компьютерной платформе BioUML (Kolpakov et al., 2019). eng: A report presents novel mathematical model linking central metabolism (Kiselev et al., 2019), Ca2+-dependent signaling pathway and downstream transcription regulation of early and late re-sponse genes in human skeletal muscle during exercise developed in BioUML platform (Kolpakov et al., 2019).
Ключевые слова:	Ca2+-зависимый сигнальный путь; транскриптом; РНК секвенирование; регуляция экспрессии; BioUML; mathematical model; skeletal muscle; скелетная мышца; физическая нагрузка; математическая модель; regulation of expression; RNA sequencing; transcriptome; Ca2+-dependent signaling pathway; physical exercise;
Издано:	2019
Физ. характеристика:	с.22-27
Ссылка:	http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/4694/8/DICR-2019-V3_p22-27.pdf
Конференция:	Название: XVII Международная конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы: Цифровые двойники и большие данные» Аббревиатура: DICR-2019 Город: Новосибирск Страна: Россия Даты проведения: 2019-12-03 - 2019-12-06 Ссылка: http://conf.ict.nsc.ru/dicr2019
Цитирование:	[1] Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ermak T.V., Timonov V.S., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. In Silico Cell: Challenges and Perspectives// Mathematical Biology and Bioinformatics. 2013. V. 8. № 1. P. 295–315. [2] Dickinson J.M., D’Lugos A.C., Naymik M.A., Siniard A.L., Wolfe A.J., Curtis D.R., Huentelman M.J. and Carroll C.C. Transcriptome response of human skeletal muscle to divergent exercise stimuli. Journal of Applied Physiology// 2018. V. 124. № 6. P. 1529-1540. [3] Hawley J.A., Hargreaves M., Joyne, M.J. and Zierath J.R. Integrative biology of exercise// Cell. 2014. V. 159. №4. P.738-749. [4] Kiselev I.N., Akberdin I.R., Vertyshev A.Y., Popov D.V. and Kolpakov F.A. A Modular Visual Model of Energy Metabolism in Human Skeletal Muscle// Mathematical Biology and Bioinformatics. 2019. V. 14. № 2. P. 373-392. [5] Kolpakov F., Akberdin I., Kashapov T., Kiselev I., Kolmykov S., Kondrakhin Y., Kutumova E., Mandrik N., Pintus S., Ryabova A., Sharipov R., Yevshin I., Kel A. BioUML: an integrated environment for sys-tems biology and collaborative analysis of biomedical data// Nucleic Acids Research. 2019. V. 47. № W1. P. W225–W233. [6] Koulmann N. and Bigard A.X. Interaction between signaling pathways involved in skeletal muscle re-sponses to endurance exercise// Pflugers Archiv. 2006. V. 452. № 2. P.125. [7] Li Y., Dash R. K., Kim J., Saidel G. M., Cabrera M. E. Role of NADH/NAD+ transport activity and gly-cogen store on skeletal muscle energy metabolism during exercise: in silico studies// American Journal of Physiology-Cell Physiology. 2009. V. 296. № 1. P. 25–46. [8] Neubauer O., Sabapathy S., Ashton K.J., Desbrow B., Peake J.M., Lazarus R., Wessner B., Cameron-Smith D., Wagne, K.H., Haseler L.J. and Bulmer A.C. Time course-dependent changes in the transcriptome of human skeletal muscle during recovery from endurance exercise: from inflammation to adaptive remodeling// Journal of Applied Physiology. 2013. V. 116. № 3. P. 274-287. [9] Pedersen B.K. and Febbraio M.A. Muscles, exercise and obesity: skeletal muscle as a secretory organ// Nature Reviews Endocrinology. 2012. V. 8. № 8. P. 457–465. [10] Popov D.V., Makhnovskii P.A., Kurochkina N.S., Lysenko E.A., Vepkhvadze T.F. and Vinogradova O.L. Intensity-dependent gene expression after aerobic exercise in endurance-trained skeletal muscle. // Biology of sport. 2018, V. 35. № 3. P. 277. [11] Popov D.V., Makhnovskii P.A., Shagimardanova E.I., Gazizova G.R., Lysenko E.A., Gusev O.A. and Vinogradova O.L. Contractile activity-specific transcriptome response to acute endurance exercise and training in human skeletal muscle// American Journal of Physiology-Endocrinology and Metabolism. 2019. V. 316. № 4. P. E605-E614. [12] Vissing K. and Schjerling P. Simplified data access on human.