Инд. авторы:	Кутумова Е.О.
Заглавие:	Редукция модели cd95-индуцируемого апоптоза
Библ. ссылка:	Кутумова Е.О. Редукция модели cd95-индуцируемого апоптоза // Математическая биология и биоинформатика. - 2012. - Т.7. - № 1. - С.139-151. - EISSN 1994-6538.
Внешние системы:	РИНЦ: 17900915;
Реферат:	rus: В работе рассмотрена математическая модель CD95-индуцируемой регуляции запрограммированной клеточной гибели - апоптоза. На основании методов редукции при помощи программного комплекса BioUML построена модель, содержащая минимальное количество компонентов и способная воспроизводить с достаточной точностью динамику исходной модели. Полученные результаты будут использованы для оптимизации комплексной модели апоптоза, включающей сигнальный путь рецептора CD95. Данный подход позволяет значительно упростить процесс моделирования сложных биологических систем и расширить область исследований in silico. eng: Using the model of CD95-induced apoptosis regulation and systematic model reduction methodology implemented in the BioUML software, this paper demonstrates that the model can be approximated by a much smaller model without affecting its dynamics. This approach significantly simplifies the process of the complex biological systems modeling and expands the scope of research in silico. The results will be used to optimize the complex modular model of apoptosis including CD95 receptor signaling pathway.
Ключевые слова:	редукция модели; математическое моделирование; CD95-induced apoptosis; model reduction; mathematical modeling; BioUML; CD95-индуцируемый апоптоз;
Издано:	2012
Физ. характеристика:	с.139-151
Цитирование:	1. MacFarlane M., Williams A.C. Apoptosis and disease: a life or death decision. EMBO Rep. 2004. V. 5. P. 674-678. 2. Krammer P.H., Rüdiger A., Lavrik I.N. Life and death in peripheral T cells. Nature Reviews Immunology. 2007. V. 7. P. 532-542. 3. Bentele M., Lavrik I., Ulrich M., Stößer S., Heermann D.W., Kalthoff H., Krammer P.H., Eils R. Mathematical modeling reveals threshold mechanism in CD95-induced apoptosis. J Cell Biol. 2004. V. 166. Is. 6. P. 839-851. 4. Gorban A.N., Radulescu O., Zinovyev A.Y. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. Chem Eng Sci. 2009. V. 65. P. 2310-2324. 5. Choi J, Yang K.W., Lee T.Y., Lee S.Y. New time-scale criteria for model simplification of bio-reaction systems. BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. Article number 338. 6. Quaiser T., Dittrich A., Schaper F., Mönnigmann M. A simple workflow for biologically inspired model reduction - application to early JAK-STAT signaling. BMC Systems Biology. 2011. V. 5. Article number 30. 7. Schilling M., Maiwald T., Hengl S., Winter D., Kreutz C., Kolch W., Lehmann W. D., Timmer J., Klingmüller U. Theoretical and experimental analysis links isoform-specific ERK signaling to cell fate decisions. Molecular Systems Biology. 2009. V. 5. Article number 334.