Инд. авторы:	Кутумова Е.О., Зиновьев А.Ю., Шарипов Р.Н, Колпаков Ф.А.
Заглавие:	Применение методов редукции для построения комплексной модели апоптотических путей
Библ. ссылка:	Кутумова Е.О., Зиновьев А.Ю., Шарипов Р.Н, Колпаков Ф.А. Применение методов редукции для построения комплексной модели апоптотических путей // Математическая биология и биоинформатика. - 2012. - Т.7. - № 2. - С.572-588. - EISSN 1994-6538.
Внешние системы:	РИНЦ: 18419270;
Реферат:	eng: We propose a new approach to composition of mathematical models of biological systems, based on their reduction. This approach has been tested on the example of two apoptosis models describing pro- and anti-apoptotic (activation of NF-κB) pathways of CD95. rus: В работе предлагается новый подход для объединения математических моделей биологических систем на основе их редукции. Данный подход описан на примере двух моделей апоптоза, рассматривающих про- и антиапоптотические (активация NF-κB) пути рецептора СD95.
Ключевые слова:	CD95-индуцируемый апоптоз; редукция модели; математическое моделирование; Transcription factor NF-κB; CD95-induced apoptosis; model reduction; mathematical modeling; BioUML; транскрипционный фактор NF-κB;
Издано:	2012
Физ. характеристика:	с.572-588
Цитирование:	1. MacFarlane M., Williams A.C. Apoptosis and disease: a life or death decision. EMBO Reports. 2004. V. 5. P. 674–678. 2. Bentele M., Lavrik I., Ulrich M., Stößer S., Heermann D.W., Kalthoff H., Krammer P.H., Eils R. Mathematical modeling reveals threshold mechanism in CD95-induced apoptosis. The Journal of Cell Biology. 2004. V.166. № 9. P. 839–851. 3. Кутумова Е.О. Редукция модели CD95-индуцируемого апоптоза. Математическая биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 1. C. 139–151. 4. Neumann L., Pforr C., Beaudouin J., Pappa A., Fricker N., Krammer P.H., Lavrik I.N., Eils R. Dynamics within the CD95 death-inducing signaling complex decide life and death of cells. Molecular Systems Biology. 2010. V.6. № 352. 5. Коган В.Е., Зенин Г.С., Пенкина Н.В. Физическая химия. Часть 2. Химическая кинетика. Санкт–Петербург : СЗТУ, 2005. 6. Hoops S., Sahle S., Gauges R., Lee C., Pahle J., Simus N., Singhal M., Xu L., Mendes P., Kummer U. COPASI – a COmplex PAthway SImulator. Bioinformatics. 2006. № 22. С. 3067–3074. 7. Quaiser T., Dittrich A., Schaper F., Mönnigmann M. A simple workflow for biologically inspired model reduction – application to early JAK-STAT signaling. BMC Systems Biology. 2011. V. 5. № 30. 8. Schilling M., Maiwald T., Hengl S., Winter D., Kreutz C., Kolch W., Lehmann W.D., Timmer J., Klingmüller U. Theoretical and experimental analysis links isoform-specific ERK signaling to cell fate decisions. Molecular Systems Biology. 2009. V. 5. № 334. 9. Gorban A.N., Radulescu O., Zinovyev A.Y. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. Chemical Engineering Science. 2009. V. 65. P. 2310–2324. 10. Le Novère N., Hucka M., Mi H., Moodie S., Schreiber F., Sorokin A., Demir E., Wegner K., Aladjem M.I., Wimalaratne S.M. et al. The Systems Biology Graphical Notation. Nature Biotechnology. 2009. V. 27. № 8. P. 735–741. 11. Engels I.H., Stepczynska A., Stroh C., Lauber K., Berg C., Schwenzer R., Wajant H., Jänicke R.U., Porter A.G., Belka C., Gregor M., Schulze-Ostho K., Wesselborg K. Caspase-8/FLICE functions as an executioner caspase in anticancer drug-induced apoptosis. Oncogene. 2000. V. 19. P. 4563–4573. 12. Scaffidi C., Fulda S., Srinivasan A., Friesen C., Li F., Tomaselli K.J., Debatin K.-M., Krammer P.H., Peter M.E. Two CD95 (APO-1/Fas) signaling pathways. The EMBO Journal. 1998. V.17. № 6. P. 1675–1687. 13. Gaudet S., Spencer S.L., Chen W.W., Sorger P.K. Exploring the contextual sensitivity of factors that determine cell-to-cell variability in receptor-mediated apoptosis. PLoS Computational Biology. 2012. V. 8. № 4. e1002482. 14. Kutumova E.O., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Lavrik I.N., Kolpakov F.A. A modular model of the apoptosis machinery. Advances in Experimental Medicine and Biology. 2012. V. 736. № 2. P. 235–245.