Инд. авторы:	Воропаева О.Ф., Шокин Ю.И.
Заглавие:	Численное моделирование обратной связи p53 — mdm2 в биологическом процессе апоптоза
Библ. ссылка:	Воропаева О.Ф., Шокин Ю.И. Численное моделирование обратной связи p53 — mdm2 в биологическом процессе апоптоза // Вычислительные технологии. - 2012. - Т.17. - № 6. - С.47-63. - ISSN 1560-7534. - EISSN 2313-691X.
Внешние системы:	РИНЦ: 18402960;
Реферат:	eng: We have carried out numerical analysis of solutions of 2D nonlinear mathematical model of the interaction of proteins p53 and Mdm2, which play a key role in the biological process of apoptosis. rus: Выполнен численный анализ решений 2D нелинейной математической модели взаимосвязи белков p53 и Mdm2, играющих одну из ключевых ролей в биологическом процессе апоптоза.
Ключевые слова:	p53 — Mdm2-сеть; p53-зависимый апоптоз; Andronov-Hopf bifurcation; numerical simulation; Delay differential equation; p53-Mdm2-network; p53-induced apoptosis; бифуркация Андронова — Хопфа; численное моделирование; ОДУ с запаздывающим аргументом;
Издано:	2012
Физ. характеристика:	с.47-63
Цитирование:	1. Lane D., Levine A. p53 research: The past thirty years and the next thirty years // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2010; 2:a000893. 2. Kastan M.B., Onyekwere O., Sidransky D. et al. Participation of p53 protein in the cellular response to DNA damage // Cancer Res. 1991. Vol. 51. P. 6304-6311. 3. Lu X., Lane D.P. Different induction of transcriptionally active p53 following UV or ionizing radiation: Defects in chromosome instability syndromes? // Cell. 1993. Vol. 75. P. 765-778. 4. Haupt Y., Maya R., Kazaz A., Oren M. Mdm2 promotes the rapid degradation of p53 // Nature. 1997. Vol. 387. P. 296-299. 5. Moll U.M., Petrenko O. The Mdm2 —p53 Interaction // Mol. Cancer Res. 2003. No. 1, P. 1001-1008. 6. Lahav G., Rosenfeld N., Sigal A. et al. Dynamics of the p53 —Mdm2 feedback loop in individual cells // Nature Genetics. 2004. Vol. 36, No. 2. P. 147-150. 7. Абраменко И.В., Завгородняя А.В., Балан В.И. и др. Индукция p53-зависимого апоптоза под действием ионизирующего излучения в лимфоидных клетках больных в-клеточным хроническим лимфолейкозом // Онкология. 2008. Т. 10, № 2. С. 225-229. 8. Желтухин А.О., Чумаков П.М. Повседневные и индуцируемые функции гена p53 // Успехи биолог. химии. 2010. Т. 50. С. 447-516. 9. Lev Bar-Or R., Maya R., Segel L.A. et al. Generation of oscillations by the p53 — Mdm2 feedback loop: A theoretical and experimental study // PNAS. 2000. Vol. 97, No. 21. P. 11250-11255. 10. Tiana G., Jensen M.H., Sneppen K. Time delay as a key to apoptosis induction in the p53 network // Europ. Phys. J. B. 2002. Vol. 29. P. 135-140. 11. Ciliberto A., Novak B., Tyson J.J. Steady states and oscillations in the p53 —Mdm2 network // Cell Cycle. 2005. Vol. 4, No. 3. P. 488-493. 12. Geva-Zatorsky N., Rosenfeld N., Itzkovitz Sh. et al. Oscillations and variability in the p53 system // Molecular Systems Biology. 2006. No. 2. doi:10.1038/msb4100068. 13. Tiana G., Krishna S., Pigolotti S. et al. Oscillations and temporal signalling in cells // Phys. Biol. 2007. Vol. 4. P. R1-R17. 14. Chiсkarmane V., Ray A., Sauro H. M., Nadim A.A. Model for p53 dynamics triggered by damage // SIAM J. Appl. Dynamical Systems. 2007. Vol. 6, No. 1. P. 61-78. 15. Horhat R.F., Neamtu M., Mirсea G. Mathematical models and numerical simulations for the p53 —Mdm2 network // Appl. Sci. 2008. Vol. 10. P. 94-106. 16. Horhat R.F., Neamtu M., Opris D. The qualitative analysis for a differential system of the p53 —Mdm2 interaction with delay kernel // 1st WSEAS Intern. Conf. on Biomedical Electronics And Biomedical Informatics (BEBI `08). Rhodes, Greece, 2008. 17. Batchelor E., Mock C.S., Bhan I. et al. Recurrent initiation: A mechanism for triggering p53 pulses in response to DNA damage // Molecular Cell. 2008. Vol. 30. P. 277-289. 18. Лихошвай В.А., Колчанов Н.А., Фадеев С.И. и др. Теория генных сетей // Системная компьютерная биология. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008. С. 395-480. 19. Гайдов Ю.А., Голубятников В.П. Одна модель генной сети, исправляющей повреждение ДНК // Математика в приложениях. Всерос. конф., приуроченная к 80-летию академика С.К. Годунова: Тез. докл. Новосибирск: Ин-т математики СО РАН, 2009. 20. Hamada H., Tashima Y., Kisaka Y. et al. Sophisticated framework between cell cycle arrest and apoptosis induction based on p53 dynamics // PlOS ONE. 2009. Vol. 4, No. 3. e4795. 21. Abou-Jaoude W., Chaves M., Gouze J.-L. A Theoretical Exploration of Birhythmicity in the p53 —Mdm2 Network. InRIA Research Report Model. INRIA-00523270. Version 2. 2010. 34 p. 22. Хайрер Э., Нёрсетт С., Ваннер Г. Решение обыкновенных дифференциальных уравнений. Нежёсткие задачи. М.: Мир, 1990. 512 с. 23. Эльсгольц Л.Э., Норкин С.Б. Введение в теорию дифференциальных уравнений с отклоняющимся аргументом. М.: Наука, 1971. 296 с. 24. Зверкина Т.С. Модификация конечноразностных методов для интегрирования обыкновенных дифференциальных уравнений с негладкими решениями // Журн. вычисл. математики и матем. физики. 1964. Т. 4, дополнение к № 4. С. 149-160. 25. Воропаева О.Ф., Шокин Ю.И. Численное моделирование в медицине: Некоторые постановки задач и результаты расчётов // Вычисл. технологии. 2012. Т. 17, № 4. С. 29-55.